Lietuvos nacionalinės UNESCO komisijos sekretoriatas (Sekretoriatas) – Lietuvos Respublikos kultūros ministerijos įsteigta biudžetinė įstaiga, aptarnaujanti Lietuvos nacionalinę UNESCO komisiją (Nacionalinė komisija) bei padedanti įgyvendinti jos svarbiausias funkcijas, numatytas Lietuvos nacionalinės UNESCO komisijos nuostatuose (Žin., 2003, Nr. 59-2666 ) bei Sekretoriato nuostatuose (Žin., 2008, Nr. 18-652). 

Sekretoriatas,  vadovaudamasis UNESCO Generalinės konferencijos nutarimais, atsižvelgdamas į UNESCO programas ir projektus bei iš UNESCO Sekretoriato Paryžiuje gaunama informacija, kartu su Nacionalinės komisijos nariais užtikrina nuostatuose numatytų funkcijų įgyvendinimą.

Sekretoriato vadovas ir darbuotojai veiklą vykdo atsižvelgdami į Nacionalinės komisijos konferencijų nutarimus bei Nacionalinės komisijos pirmininko nurodymus.

Sekretoriato darbuotojai informuoja Nacionalinės komisijos narius ir kartu su jais organizuoja  Nacionalinės komisijos veiklą, kartu su Lietuvos nuolatine atstovybe prie UNESCO rengia UNESCO Sekretoriatui Paryžiuje dokumentus pagal savo kompetenciją, palaiko ryšius su valstybės ir savivaldybių institucijomis bei įstaigomis ir nevyriausybinėmis organizacijomis, kaupia  ir sistemina UNESCO Generalinės konferencijos, UNESCO Vykdomosios Tarybos dokumentus, informaciją apie UNESCO programas, jų įgyvendinimą, organizuoja Nacionalinės komisijos  posėdžius,  bendradarbiauja su UNESCO Sekretoriatu Paryžiuje, kitų valstybių nacionalinių UNESCO komisijų sekretoriatais  Nacionalinės komisijos interneto tinklalapyje ir, esant galimybei, žiniasklaidoje, informuoja visuomenę apie UNESCO ir Nacionalinės komisijos veiklą, teikia  informaciją apie  UNESCO studijų ir mokslines stažuotes, organizuoja mokslinius seminarus,  konferencijas ir kitus renginius, susijusias su UNESCO ir Nacionalinės komisijos vykdoma veikla, rengia ekspozicijas, parodas ir kt.

Sekretoriato ir Nacionalinės komisijos veikla atsispindi kiekvienais metais skelbiamose metinėse veiklos ataskaitose.